​康熙年间台湾朱一贵反清起义始末

康熙年间台湾朱一贵反清起义始末

康熙晚年因“当今天下太平无事”而奉行“以不生事为贵”的治世原则，抱有多一事不如少一事的心态。这种“宽仁”，表面上可以达到省繁去苛、不扰累百姓、维持社会安定的目的，但在深层次上却导致了吏治日渐腐败，官员贪污之风日盛。随着官吏对百姓的勒索、盘剥日益加重，大量的百姓开始破产，被迫脱离土地，到处流亡。在一些局部地区，官僚地主阶层的盘剥和压迫更加严重，导致了局部矛盾被激化，小民在忍无可忍的情况下选择暴力抵抗。台湾朱一贵的武装反抗，就是在这样的背景下发生的。

朱一贵，原名朱祖，康熙二十八年（1689）生于福建漳州府长泰县方成里亭下村一贫苦的农民家庭，排行老二。当时其家乡一带多为盐碱地，山多地少。富豪阶层倚仗权势将土地占为己有后，霸山占海，可以说富者田连阡陌、贫者无立锥之地，普通百姓破产流亡十分普遍。至康熙后期为了生存，沿海一带的百姓被迫流亡至地广人稀的台湾，寻找生机。康熙五十三年（1714），朱一贵之父率全家也加入了同乡的逃亡队伍，从漳州出发渡海人台，希望能在台湾谋求一条生路。

到了台湾之后，朱一贵最初想去做台厦兵备道辕门的差役，但最后没有被录用。为了谋生，只能租种民人郑九赛的田地谋生，随后在鸭母寮（今高雄市内门区光兴里）以养鸭为业。朱一贵为人侠义好客，豪爽健谈，当地人称之为“小孟尝”，在当地百姓中有一定的威信。当地百姓遇到问题便找他，他也乐于帮助别人，久而久之，朱一贵便成了当地百姓心目中默认的头领。

清政府统一台湾后，为进行管理设立了一府三县（凤山县、嘉义县、彰化县），最初还算有效，当地社会稳定有序。但其时台湾天高地远，鞭长不及，随着圣祖中晚期整体吏治的松懈，派往台湾的官吏不再尽心为民，而是鱼肉百姓。台湾知府王珍上任后，与其下属各官狼狈为奸，欺压百姓，不仅将赋税提高一倍半，还设立了各种附加税名目进行盘剥，抢占土地，圈占山上资源。百姓苦不堪言。

康熙五十九年（1720）十二月初八日，台湾、诸罗、凤山等县先后发生强烈地震，持续了10余天，房屋倒塌，百姓死伤甚多。因为这场灾难，百姓们合伙筹钱，搭台唱戏谢神祈福。知府王珍以禁止百姓拜把结会为由，派其次子王朝梅将酬神唱戏的百姓40余人人狱。不久，又捕拿了上山砍竹谋生的百姓二三百人，朱一贵也被捕入狱。台湾官府的乱捕乱拿让当地百姓十分痛恨，当地社会怨声载道。被捕入狱的朱一贵不久被释放，但要被驱赶回原籍。

面对官府对百姓的压榨以及自身的遭遇，与其被驱回原籍，还不如联合其他人一起反抗。有了这样的想法后，朱一贵便开始行动起来，积极联络具有同样想法的人。康熙六十年（1721）三月，朱一贵、黄殿、李勇等人聚集到罗汉门管施仁舍屯黄殿家，谋划起义之事。朱一贵慷慨激昂地对众人道：如今地方官各种欺诈压迫，百姓已经到了活不下去的地步，与其坐以待毙，不如集合各路英雄，谋划举事，同领三军，横渡大海，会师北伐，饮马长城，持彼虏庭，歼其丑类。黄殿、李勇等人当即表示赞同，并推其为首领。因朱一贵姓朱，众人为了增强其号召力和威信，便声称其为明朝后裔，以此来号召天下，聚集力量。

四月十九日，朱一贵、李勇、吴外、郑定瑞等52人至黄殿庄中，拜把结盟，准备起事。结盟后，各人回去设法招兵买马，最后共召集了1000余人，他们砍竹为枪，打出“激变良民大明重兴大元帅朱”的旗帜，正式起义。此时，广东潮州人士杜君英也于三月集聚客籍佣工，打出“清天夺国”的旗号起事；后来，又有杨来、颜子京、戴穆等人陆续加入，队伍逐渐增加至1000余人。

四月二十一日，杜君英获悉朱一贵在冈山树旗，即令杨来、颜子京前往联络朱一贵。双方随后竖旗拜把，结成联盟。之后，朱一贵率部先后夺得槟榔林、大湖乡两地屯兵的军械武器。在朱一贵起义的影响下，台湾其他地区的农民也纷纷起事。郭国正、翁义在草潭起兵，戴穆、江国论在下埤头起事，林曹、林骞、林连在新园起兵，王忠在小琉球起事。这些农民军以朱一贵为号召，攻打当地官府衙门，释放被捕百姓，追击官兵。

二十三日，台湾镇总兵欧阳凯得到朱一贵聚众起事的消息，即派右营游击周应龙率兵1500人，前往镇压。清军来势凶猛，战斗力较强，双方在二滥地方交战，农民军杜君英部将杨来、颜子京所部被击败，被迫退回至下淡水杜君英处。朱一贵所部见状全部退至附近村庄中躲避。清军游击周应龙率部紧追，对躲进村庄的农民军大肆搜捕，并发布命令：凡斩杀农民军首领一人者，赏银50两；斩杀农民军士兵一人者，赏银3两。在重赏之下，清军开始杀良冒功，不分青红皂白，见人就杀，最后无辜百姓被杀害以及被放火烧死甚多。

清军的这种残暴行为引起百姓的巨大恐慌和愤慨，百姓们纷纷投奔朱一贵，几天之内竟达2万余众。二十五日，清军游击周应龙率领士兵400余人，会同南路营清兵追击农民军，在赤山与农民军遭遇。农民军杜君英部与朱一贵部对周应龙部进行南北夹击，乘清军没有防备之际先烧毁了清军南路营营房，然后南北两路同时出击，大败周应龙。清军官兵死伤甚多，南营守备马定国在农民军的围攻中自刎而亡，把总周应遂、千总陈元、参将苗景龙被擒杀，总兵周应龙只身逃回府城。

朱一贵、杜君英率领数万起农民军乘胜向台湾府城进攻，台湾总兵欧阳凯与游击刘得紫率兵千余人，台协水师副将许云率兵500人，分驻春牛埔（今台南市东门城），列营阻击。不料，半夜清军受惊，士兵四散，虽至天明将士兵召回，但已无斗志。四月底，双方遭遇。清军枪炮齐发，副将许云跃马当先，率水军徒步冲入农民军中，清步军陆续跟进，农民军不敌，退至竿津林。五月初一日黎明，农民军聚集数万，漫山遍野。游击刘得紫与守备张成率兵在中路口阻击，于半路店与农民军遭遇。总兵欧阳凯、副将许云等率兵在春牛埔阻击。

朱一贵、杜君英联合所部向清军冲杀，双方交战中，早已暗通农民军的清军把总杨泰成功刺杀总兵欧阳凯。主将被杀，所部清军顿时大乱，难以抵挡农民军的进攻，水师副将许云及游击、守备、千总、把总等10多人在混战中阵亡。在中路口进行阻击的游击刘得紫听闻总兵欧阳凯被杀，清军战败，急忙率兵回援，终因寡不敌众而战死。清军大败，台协水师中营游击、右营游击、守备等率兵千余人、战船40余艘急忙逃往澎湖。步军右营游击周应龙、中营把总王丑秘乘商船逃归大陆，奔泉州。

台厦道梁文煊、知府王珍、同知王礼等文官也相率登船逃回，又怕船只在港口内被农民军所擒，于是直接驱船奔澎湖而去。台湾府城顿时陷入混乱，群龙无首。当天中午起义农民军便控制了台湾府城。杜君英先占据了总兵官署，朱一贵相继攻下台厦道署衙门。他们分发府库金银，又打开赤嵌城，获得了40年前郑氏所藏的大量军火兵器。农民军攻下台湾府城后，拥立朱一贵为“中兴王”，于今台南大天后宫登基，宣布建立“大明”政权，建年“永和”，尊明为正朔，承袭明朝的各项制度，废剃发令，封军师、太师、国师、国公、将军、候、都督等40余人，任命各种文武官员，发布讨清檄文，昭告天下。

此时，赖池、万和尚、林泰等人也在诸罗（今台湾嘉义县）树旗响应，杀清北路营参将罗万仓，攻下诸罗县后向朱一贵归附。于是，全台除北路淡水营及南淡水的粤民客庄外，都已在农民军控制中。驻台清军虽有忠勇之士，但更多的却是色厉内荏、贪生怕死之辈。朱一贵起义后，“（驻台）官吏渡澎湖，居民汹惧。将吏以孤岛难守，佥议撤归厦门，各遣家属登舟”。台湾府城刚一陷落，驻台文武官员不是考虑如何收拾残局，而是率先携带家眷离台逃命，“游击周应龙走泉州，台协水师中营游击张彦贤、右营游击王鼎等率所领兵逃出澎湖，台厦道梁文煊、知府王珍以下各官皆从之”。

农民军占据台湾府城后，其落后的小农意识很快暴露无遗。农民军大封后，官员们的穿戴居然“皆取诸优伶”，甚至还有将“桌围椅帔有彩色者缀以为衣，以红绿绸里头，出入炫耀于道”。农民军内部不再像之前那样团结，矛盾反而越来越尖锐。面对几乎已经控制整个台湾岛的大好局面，农民军官兵们认为功成名就了，遂陷入于既有的胜利中，进取心逐渐降低，取而代之的是贪图享乐，斗志开始涣散、军纪逐渐松弛，尤其是农民军首领之间更是争权夺利，甚至欺压百姓。将军戴穆强娶民女，太师洪镇私卖官札，后被一一处决。其中腐化最明显的当为杜君英，对其无法无天的行为，朱一贵虽十分愤怒却又无可奈何。朱一贵和杜君英两部非从属关系，而是合作关系。

在起事初期，杜君英所部声势和战斗力都要强于朱一贵，尤其是在攻占台湾府城中，也是杜君英所部最先攻下。杜君英遂以自己功劳最大，欲立其子杜会三为王，但因众人对其不服，皆愿拥立朱一贵，杜君英只好作罢。在农民军大封群臣时，杜君英仅封为国公，加上立子之事，心中十分气恼，因此凡事骄横自恣，对朱一贵之命阳奉阴违，四处抢劫，不听约束，甚至抢掠妇女7人回营。朱一贵派杨来、林琏出面阻止，杜君英不但不听命放人，反而将朱一贵所派二人绑了起来，继续我行我素。

朱一贵十分愤怒，两部矛盾日深，终至兵戎相见。拥护杜君英的众人借口权力分配不均，处处不听命令。朱一贵为了整饬农民军纪律，则密派杨勇、郭国正等率兵围攻杜君英部。杜君英战败，率粤兵数万人北渡虎尾溪，屯驻于猫儿干（今台湾云林县仑背乡）一带。杜部于所到之处剽掠村社、欺压百姓，周边村庄多被蹂躏。所未至者，唯南崁以北。杜部的行为激起了当地百姓的极大愤慨，这对农民军造成了极大的消极影响。朱一贵、杜君英之间的内让让清军有了各个击破的可乘之机。

在朱一贵农民军风起云涌之际，下淡水溪有13大庄、64小庄，包括闽籍汀州府和粤籍镇平、平远、程乡3县未附众起事的客籍垦民，因惧怕遭战火波及和破坏，遂聚集以自保。这些自保不愿意参加起事的客民共同推举李直三为大总理，并联合凤山八社的平埔族人，聚众万余人，分7营，先是清除了下淡水溪东岸一带朱一贵的势力，然后沿下淡水溪东岸列营布防。除此之外，不少台湾人不愿附从农民军，强烈反对农民军的行为，所以纷纷加入抵抗农民军的行列，并支持清廷对农民军的军事行动。

台湾人林黄彩主动向闽浙总督觉罗满保“陈平台策”，并“随军征剿”；台湾人陈友，“先驾小舟于鹿耳门，插标为向导”，立下军功；台湾人陈致远，曾随施琅攻克澎湖，这次又不顾年高，“随征朱一贵”；台湾府凤山县人侯观德，在朱一贵起事时，子本庄竖起“大清义民”旗，大败朱一贵军；台湾府台湾县人刘魁才，也为平定朱一贵之乱立功。

最初，朱一贵起事暴动的消息由来往于台湾与大陆之间的商船带到了厦门，清水师提督施世骠（施琅之子，施世纶之弟）并不相信朱一贵等人能攻下全台湾。不久后，台湾的很多官员逃至澎湖，并立即具文向福建督抚告急，这才让施世票意识到问题的严重性。施世骠即刻召集众将，要求谨巡防、严守御，绝不能懈怠。闽浙总督觉罗满保、福建巡抚吕犹龙等人商议，一方面决定立即调南澳、铜山等营兵1200人，备船20只，命南澳总兵蓝廷珍统领，乘东风直取台湾，在打狗港（在高雄）登陆，恢复台湾南路；调军标绿营兵300人、兴化等营兵900人，备船20只，令兴化副将朱杰直接在台湾蚊港、三林港登陆，夺取北路；提督施世骠麾下兵2500人、各水师营兵3000人及督标兵丁1000人，共6500人，由施世骠统领，自鹿耳门登陆。

同时，由巡抚负责战前粮饷，觉罗满保至厦门坐镇指挥。同时，六百里加急向圣祖奏报台湾朱一贵之变及他们的应对之策，并向圣祖承诺在1个月之内定能平定叛乱。圣祖接到奏报后，指示觉罗满保等与前线主将，务必寓剿于抚，用招降的政策将那些不明事理而盲从的平民百姓争取过来，达到釜底抽薪之效果。

六月十六日，蓝廷珍、施世骠率领战将120余员、兵壮1.2万余名、大小船只600余艘、舵工水手6000余人从厦门港出发，欲一举剿灭台湾农民军。大军行于海上，遭遇大风，部分船只被吹散，只能在澎湖做暂时休整。时有台湾右营把总吴良因台湾失守而投降农民军，为了邀功，自荐带人夺取澎湖，并携带书札百张、白金500两，带领12人至澎湖策反清军守将。让吴良没有想到的是，此时施世骠的大队人马已至岛上驻扎。施世骠命人假装附和，夜晚将其一行人全部灌醉，然后捕拿入狱。

经过严审，吴良等人将农民军中的情形一一做了交代，清军对台湾岛内的情形有了比较准确的情报。此外，施世骠在澎湖当地招募熟悉台湾水道者，为进兵台湾岛做准备。澎湖人洪就、洪选、颜得庆、杨彬等人前来应聘。施世骠量才使用，充分发挥他们的特长，任命洪就、洪选为随征千总，负责清港道、树航标；任命颜得庆、杨彬为守标千总，守护航标安全，从而保证大军出征顺利。在一切准备就绪后，蓝廷珍向施世骠建议，止歼巨魁数人，余众只要能放下武器，则概不过问，这样可以达到兵不血刃而平息叛乱的目的。施世骠当即同意，并告诫各官兵，登岸之日不可滥杀，对投降的人一概宽宥，容其还家。

六月十八日，清大军从澎湖出发，以林亮、董方为前锋，同时派外委洪就、洪选等善水者12人驾小舟随先锋同行，于鹿耳门港插旗，标记行舟路线。二十一日，大军到达鹿耳门港口外海。朱一贵军将领苏天威率3000人扼守鹿耳门炮台，向清军迭发火炮，同时又派小舟扼守险要迎敌。清军前锋林亮、董方以6船冒死直进，同时命令船上火炮还击。鹿耳门农民军炮台上堆积着层层火药，林亮命炮手对准炮台攻击，火药桶中弹起火爆炸，烧死烧伤农民军甚多。此时，正是海水涨潮之际，蓝廷珍率部将王万化、林政等统船400余艘，齐行并进。

先锋林亮在清军主力的掩护下烧毁了农民军的船只。把总苏荣率部首先登岸，夺取鹿耳门炮台，放火烧毁了农民军军营。在清军的强势进攻下，农民军被迫从鹿耳门炮台撤退至安平镇内，与将领郑定瑞列阵迎战。清军登岸后紧追，先锋林亮、董方率先攻安平镇，被农民军围住。危急之时，蓝廷珍率部赶来增援，农民军顿时不敌，战败撤退。

朱一贵见鹿耳门、安平镇接连失陷，急派杨来、颜子京、张阿山等率部8000余人重新进攻，试图夺回安平。蓝廷珍指挥所部还击，清军枪炮连环射击，同时又派朱文、魏天锡、谢希贤、林亮等驾小船，沿岸夹击。双方鏖战两天，农民军大败，退至七鲲身冲濑口（今台南市西南海岸）。朱一贵再派李勇、吴外等率兵数万人，驾牛车，列盾为阵，声势浩大，试图再次收复安平。朱军以翁飞虎所部乌龙旗部为前锋，以牛车携盾冒炮火前驱而进，后面跟进朱军主力大部队。清军立即作战部署：以齐元辅、吕瑞麟、苏明良率部为左路，以王万化、林政、李祖等率兵为右路，以郑耀祖、王绍绪为后应。蓝廷珍亲督士兵用大炮连环齐发，攻击农民军之牛车阵，左右各路先后夹击，还有小股清军驾船沿海岸用炮夹攻，农民军伤亡巨大，被迫退至府城，并沿岸列炮，昼夜固守。

至二十日夜，施世骠遣前锋林亮率精兵1200余人，在当地人的带领下偷袭西港仔农民军，并攻占此处，蓝廷珍亲统水师五六千人于次日凌晨乘舟跟进。农民军与清军先锋大战于苏厝甲（今台南县安定乡苏厝），激战中农民军渐渐占据优势。得到消息后的蓝廷珍命部队舍舟登岸，将所部分成八路并进。农民军林曹、江国论等率部迎战。清军前锋奋力冲杀，左右两翼绕至农民军后部，对农民军进行前后夹击。

清军吕瑞麟部从竹林中冲杀而出，横侧截杀农民军，清中路军也在此时掩杀而来，枪炮声震天。农民军浴血奋战，伤亡惨重。至傍晚，农民军重整旗鼓，准备偷袭清营。但蓝廷珍已做好防备，命令撤帐房，卷旗帜，露刃隐蔽在甘蔗林中。农民军赶来，不见清军大营，大惊。此时，清军从甘蔗林中突然冲杀出来，农民军措手不及，顿时大乱，四散奔逃。蓝廷珍乘胜督军南下，在木栅仔和茑松溪（今台南市北）大败农民军，直趋台湾府城（今台南市），与施世骠水师成夹击之势。朱一贵见形势非常不利，遂率全部精锐撤出府城，向北转移。

为了加速农民军的失败，在加大军事压力的同时，圣祖向台湾前线将领下达了招抚的命令：若能立即就抚，自可宽恕其罪。同时，也重新任命了台湾一府三县的官员，以便战后能及时安抚百姓。圣祖在谕旨中说，台湾民众“俱系内地之民，非贼寇之比，或因饥寒所迫，或因不肖官员刻剥所致。一二匪类倡诱众人杀害官兵，情知罪不能免，乃妄行强抗，其实与众何涉。今若遽行征剿，朕心大有不忍。故谕总督满保，令其暂停进兵。尔等若即就抚，自原谅尔等之罪。倘执迷不悟，则遣大兵围剿，俱成灰烬矣。

台湾只一海岛，四面货物俱不能到；本地所产不敷所用，只赖闽省钱粮养赡耳。前海贼占据六十余年，犹且剿服，不遗余孽。今匪类数人，亦何能为耶？谕旨到时，即将困迫情由诉明，改恶归正，仍皆朕之赤子。朕知此事非尔等本愿，必有不得已苦情。意谓与其坐以待毙，不如苟且偷生，因而肆行掳掠。原其致此之罪，俱在不肖官员。尔等俱系朕历年豢养良民，朕不忍剿除，故暂停进兵。若总督、提督、总兵官统领大兵前往围剿，尔等安能支持?此旨一到，谅必就抚；毋得执迷不悟，妄自取死。特谕”。满保觉罗接到圣祖谕旨后，立即命兴泉道陶范署理台厦道事，尊奉谕旨前往台湾，晓谕台湾百姓及农民军。

此时农民军中许多人对眼前的形势非常悲观，其中很多人在清军的招抚下纷纷投降，农民军的实力削弱很多，处境十分艰难。而在清军夺取台湾府城后，施世骠和蓝廷珍派大军分别从南边两路追剿农民军。王王化、林政等人率部追剿南路农民军，并收复南路营凤山县，安抚下淡水、大昆麓等地百姓，南路500里地方得到平复。林秀、范国斗等率部在北路追剿农民军，双方于大穆降交战，农民军大败，投降者达九成。朱一贵只率数千余众逃至湾里溪，继而逃往下加冬。时当地大族豪绅杨旭、杨雄已接受蓝廷珍所授予的守备、把总之衔，秘密召集壮丁，准备诱捕朱一贵。

六月初五日，朱一贵率部千人至沟尾庄索取食物，杨雄等人假意应承，宰牛犒军，并答应号召六庄壮丁相助。初七日晚大雨不止，杨旭为朱一贵等备馆舍，故意安排朱一贵等人分散宿住民家，秘密传集附近六乡壮丁佯为守护，暗中却用水灌湿朱一贵所携的大炮。五更时，村庄中大哗，金鼓火炮齐发，伏兵齐出，农民军惊慌失措，四散溃乱，杨雄、杨旭等人将朱一贵、翁飞虎等人擒住，送至清营，同时遣散余众。

农民军吴外、陈印乘乱率部逃出。朱一贵被送至施世骠军营，由施世骠、蓝廷珍会审。朱一贵昂然而立，怒斥敌人，即使腿骨被打断仍不屈服，后被械送厦门，解赴京师处死。在北路大排竹，朱一贵部将杨来被当地乡民杀害，赖改、万和尚在诸罗被清军擒杀，继而游击景慧率部收复笨港及沿海上下，北路1000余里地方尽为清军所恢复。在南路凤山，颜子京等人在朱一贵撤离府城后不久即兵败被俘，也遭杀害，南路500里地方被清军平定收复。

在下淡水，“客庄”部分粤民在朱一贵起事之初就打出“大清义民”的旗号，联络乡民与朱一贵为敌。朱一贵曾遣陈寿福、刘国基、王忠等领众万余人前往进攻。六月十九日，双方大战于淡水溪，农民军大败，陈寿福损失惨重，自刎获救。他听说安平已失，遂逃匿于南路观音山。刘国基、王忠等人则逃往郎娇。不久，刘国基接受招抚，王忠转逃凤山深林中。

七月下旬，农民军余部江国论、郑元长等人率残部于阿猴林再次树旗反抗，蓝廷珍派兵追剿，农民军残部听闻清军来袭，四处溃散，只是将农民军大旗系在林中。江国论、郑元长逃往北路，其部属陈逸与官弁张腾霄谋划投诚。后张腾霄携江国论等人至蓝廷珍军前投诚，蓝廷珍表面上给予很高的待遇，暗地里却时刻准备着武力剿灭。农民军余部见首领已经就抚且受到善待，于是纷纷投诚。

八月十三日，台湾府遭强台风暴雨袭击，屋瓦齐飞，海水暴涨，台湾港口大大小小的船只全被击碎。大风所过之处，大树被拔，房屋倒塌，百姓一遍哀嚎，压死溺毙者数千人。然而诸罗一线并未遭到风灾，农民军余部杨君、李明等人召集众人重新攻占盐水港一带，蓝廷珍派兵大肆搜捕。后又有林君等在六加甸复起，被知县汪绅文所破。蓝廷珍又将据于旧社、红毛寮继续抗清的朱一贵余部全部剿灭。同时，蓝廷珍还对降将陈寿福优待有加，以此来吸引更多的农民军残部前来投降。

这一策略果然奏效，散在各处的农民军余部见之纷纷前来投诚。农民军重要首领杜君英久藏山中，昼伏夜出，清军一直无法获得其确切的隐藏点，后杜君英听闻陈福寿投降后受到优待，在处境十分艰难的情况下逐渐动摇了原来的决定，开始考虑向清军投诚。蓝廷珍乘机派守备施恩、陈祥等人前去劝说。杜君英担心被清军诱捕，要求与农民军降将陈福寿核对情实，若情况属实，即与之同往。蓝廷珍一一满足了杜君英的要求。杜君英先将其子杜会三留在山中，然后独自前往清军大营，蓝廷珍对其优待有加。

3天后，千总何勉前往山中劝说杜会三率部出山投诚，并告知其父受到优待之情形，深信无疑的杜会三遂率部下山投降。十月中旬，杜君英、陈福寿等人还是被枷送至厦门，解往京师，后与朱一贵等人一起被清廷处以极刑。其他降清的起事将领和作战被俘的将领也都先后分别被问罪判刑。同时，圣祖对台湾不作为的官员进行了重惩，尤其是对在朱一贵起事后逃跑的官员。

他颁下谕旨，先是痛斥逃跑的驻台官员“平日并不爱民，但知图利苛索。及盗贼一发，又首先带领家口，弃城退回澎湖，殊属可恶。道员以下文职官员，俱著提拿”，再是明言“会同审明，即发往台湾正法”。原任台厦道梁文煊、台湾府同知王礼、台湾县知县吴观棫、诸罗县知县朱夔、台湾右营游击周应龙、台湾协水师游击张彦贤等官员，俱被发往台湾处决；原任台湾知府王珍，虽已亡故，因其罪行巨大，也被“棺剖枭尸示众”。

十一月，南路农民军余部陈成、苏清等人在石壁寮再次聚众举事，被清军将领何勉、杜雄等人率部击溃。蓝廷珍认为罗汉门诸山一直是农民军的避难所和盘踞之地，若不彻底扫清，难以彻底根除农民军，遂派几路大军，分别搜捕山谷，做到毫无遗漏。搜捕一直进行了27天，摧毁了山中的各种设施和藏匿据点，剿灭了不少小股农民军，许多农民首领也被搜出。此后，虽然农民军余部较大的反抗活动基本没有了，但零星的活动并没有完全熄灭，他们流动作战，昼伏夜出，辗转抵抗，不断地冲击着清廷统治秩序，直到雍正元年（1723）四月十五日王忠在南路凤山森林被俘，这场轰轰烈烈的反清农民起义才最终被平息下去。